Ab 1882 erhielt er von französischen Staat seine sehr stattliche Leibrente von 25.000 Francs. Sein Impfstoff gegen Tollwut brachte ihm enormen Ruhm weltweit ein. Zudem konnte durch eine große Anmzahl von Spendengeldern das Institut Pasteur gebaut werden (Fertigstellung 1888).
Kurz vor seinem Tode wollte man ihm den preußischen Orden Pour le Mérite verleihen, was er jedoch angeblich (es ist nicht genau belegt, aber stark zu vermuten) aufgrund seiner ablehnenden Haltung gegenüber Deutschland ablehnte.
Gesundheitlich ging es mit Louis Pasteuer in den letzten Lebensjahren mehr und mehr bergab. So sorgten mehrere Schlaganfälle dafür, dass er keine Forschungsarbeiten mehr leisten konnte. lKurz vor seinem Tode war er von der Krankheit so gezeichnet, dass er fast komplett gelähmt war. Louis Pasteur starb am 28. September 1895 in Villeneuve-l’Étang bei Paris. Seine Beisetzung erfolgte in einer Krypta unter dem Institut Pasteur.